世界中から報告された新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の全ウイルス（総数183,422ウイルス）の遺伝子の変異を解析しました。

ぜひ、前回の記事も参照してください。
https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2891197281205272

結論は、前回書いた様にとてもシンプルです。
「現在までに新型コロナウイルスのたくさんの遺伝子変異（いわゆる型）が報告されてきたが、遺伝子（型）の違いにより重症度に大きな違いは認められない」

今回は、各地域の結果を紹介する前に、理解しやすいように、新型コロナウイルスの遺伝子解析についての基本的な知識をまとめました。

新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は発生から現在までに、遺伝子の変異から以下の8つの系統（正式にはクレード＝系統種）に分けられています。
S, L, O, V, G, GH, GR, GV
Oはその他＝分類不能という意味ですが、ほとんどがLとVに近いものに分類されています。

前回の記事に書いたように、一般の記事にはS型、L型など「型」と説明されるのですが、実はこれらは型という程の違いはありません。ですから、私の記事では単にS、Lと表記し、タイプ（正式にはクレード）と説明します。

まず、新型コロナウイルス（SARS-2）の全遺伝子（フルゲノム＝全長29903bp）が初めて報告されたウイルスはWuhan-Hu-1でLになります。

他のすべてのウイルスは、このウイルス（レファレンスウイルス）の遺伝子と比べてどこが変異しているかで分類されます。

新型コロナウイルスのレファレンスウイルスはLですが、発生的にはおそらくSがオリジナルと考えらます。

いずれにしてもSとLが初期タイプ
LからVとGが発生
GからGH, GR, GVが発生

という流れになっています。

大まかな理解としては、以下を押さえておけば十分でしょう。
・Sが少し変異して中国武漢市で大量に発生したのがL（いわゆる武漢型といわれた）
・S, L, O, Vまでが「初期タイプ」
・その後のGは感染力が高い、増殖能が高い、重症度が高いなどたくさん報告されているD614G変異を含むタイプで一時「欧米型」などといわれたもの
・このD614G変異はGだけでなくその後のGH, GR, GVのすべてが共通して持っている変異であることに注意
・そして2020年6月にスペイン発の新型と報告され、最近注目されているのが最新のGV

今回の一連の記事では現在の主流であるD614G変異を持つG, GH, GR, GVを合わせて「G変異タイプ」と呼ぶことにします。S, L, O, Vが「初期タイプ」です。

では、新型コロナウイルスが発生したとされる2019年12月から2020年12月1日現在までの全世界から報告されている遺伝子タイプの変化を示します（図1）

・2020年2月中旬を境に初期タイプ（S, L, O, V）からG変異タイプ（G, GH, GR, GV）への移行がみられる
・初期タイプはその後急速に少なくなり、2020年の8月移行はほぼみられないか消失している
・現在では全世界の99%以上がG変異タイプ（G, GH, GR, GV）になっている
つまりD614G変異は特別な変異ではなく、現在では世界で流行しているほとんどの株に含まれている変異ということになる
・D614G変異をもつG変異タイプ（G, GH, GR, GV）の中では、2020年8月まではGRの増加が大きい
・2020年9月以降GVの検出が急速に増えており、現在では全報告の約65%を占め、さらに増加する傾向にある。
・GVの増加につれ、GRは減少しているが、G, GHはコンスタントに1割ほどの検出が続いている
ただし、このGVは現在までのところ主に西欧と北欧でのみ検出されており、東欧や他の世界中の地域ではほとんど報告がないことに注意が必要です。

さて、これまでL, G, いわゆる欧米型, D614G変異株、GV（20A.EU1）＝スペイン発の新型などと新しい変異が見つかるたびに「感染力が高い」「増殖能が高い」「重症度が高い」などという報道がされ、実際に解析された医学論文もたくさん出てきています。

そして、現在イギリスロンドンで発生した新しい変異ウイルスが話題になっているそうです。12/11に初めて検出されていますので、今回の解析には入っていません（今回の解析は12/1までのデータ）。

確認ですが、感染力が高いことが必ずしも重症化や死亡率の上昇と関係しているとは限りません。感染率が高く軽症であれば、むしろ感染して免疫がついた方がいいこともあります。
また、実験室（生体外）での結果が必ずしも人に当てはまるわけでもありません。

今回の一連の記事では、様々な変異タイプが最も重要な重症度である死亡率と関係するのかどうかを検証しました。

結論は、前回書いた様にとてもシンプルです。
「現在までに新型コロナウイルスのたくさんの遺伝子変異（いわゆる型）が報告されてきたが、遺伝子（型）の違いにより重症度に大きな違いは認められない」

ただし、ウイルスは今後も遺伝子変異（ウイルス進化）し続けていきます。今回の結果はこれまで（2020年12/1）の遺伝子変異のまとめとそこから予想できることになります。

次回から数回に分けて各地域の遺伝子タイプと死亡率の関係をみていきます。
その後、主なアミノ酸変異との関係についても可能なら追加していく予定です。

これまでに書いたコロナウイルス関連の記事は以下にまとめています。
https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2728645230793812