遺伝子変異(型)による死亡率や重症度に違いはない

GISAIDの新型コロナウイルス遺伝子のデータベースを使って現在(2020年12月1日)までに、世界中から報告された新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の全ウイルス(総数183,422ウイルス)の遺伝子変異を解析しました。


新型コロナウイルス遺伝子の分類法には現時点で主に3種類あります。
3つの分類法の関係は図を参照してください
・Nextstrein:https://nextstrain.org/
・GISAID:https://www.gisaid.org/
・cov-liniages.org:https://cov-lineages.org/


それぞれの分類法に利点と欠点があり、含まれるウイルスにも若干の違いがありますが、大まかな分類では一致しています。

今回の解析では、Nextstreinよりも細かく分類でき、もっとも頻回に使用されているGISAIDの分類法を使って解析しました。


今回解析した新型コロナウイルスは以下の基準で選び、ウイルスの総数は183,422になります。


①人から検出されたもの(動物由来は除外)
②ウイルスの全遺伝子が報告されているもの
③正確性の低いウイルス(株)は除外


解析したのは、ウイルスの全遺伝子(欠けのない全長という意味でフルゲノムあるいは単にゲノムといいます)が報告されたものだけになります。


詳しい解析結果は、今後何回かに分けて記事にしますが、とても重要な結論だけを先に書いておきます。


『現在までに新型コロナウイルスのたくさんの遺伝子変異(いわゆる型)が報告されてきたが、遺伝子(型)の違いにより重症度、死亡率に大きな違いは認められない』


これから導かれる重大なことは以下になります。
・日本を含めたアジア全域で欧米に比べて死亡率が極端に低い(約1/50〜1/1000)のは遺伝子(型)の違いによるものではない
・同様に、新型コロナウイルス(通常の風邪コロナウイルスではなく)の何らかの軽症型が先行したためでもないと思われる
・今後、変異したウイルスが入ってきても日本での死亡率が欧米のように大きく増加することはおそらくない


遺伝子変異(ウイルスの進化)についてもう1点大事なことがあります。


報道では新型コロナウイルスについてS型、L型、武漢型、欧米型など◯◯型という言葉がよく使われます。


しかし、新型コロナウイルスの変異速度は、約25塩基/ゲノム/年(1年間で 約25ヶ所が変異するという意味)と推定されています。
つまり、このペースで1年間かけて25ヶ所変異しても、SARS-CoV-2ゲノムの全長約29900bpの約0.084%であり、この程度の変異では、いわゆる「型」というほどの違いにはなりません。

例えばインフルエンザでは違う型(亜型)では通常30%以上の遺伝子が変異しています。
詳しくは以前に書いた記事を参照してください。
https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2679832895675046


ですから、遺伝子変異について以下も大切なポイントになります。


『新型コロナウイルスの遺伝子変異は日々進行中であるが、現在までに報告されている全183,422ウイルスは、インフルエンザなどの一般的なウイルスの分類では、すべて同じ「一つの」遺伝子型になる(おそらく血清型も一つになる)』


そして、これはワクチン問題やADE(抗体依存性増強)を考える時にとても重要になります。


世界の各地域(ヨーロッパ、アジア、中東、北米、南米、オセアニア、アフリカ)の解析結果は次回以降の記事で紹介し、今回の結論を確認していきます。


これまでに書いたコロナウイルス関連の記事は以下にまとめています。
https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2728645230793812

関連記事

no image

新型コロナウイルスの臨床的特徴(2/22の時点) COVID-19②

先日(2/21)、現在日本で流行しつつある新型コロナウイルス(COVID-19)について、まず大切になる最も重要な情報を簡潔にまとめました。 https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2622431101415226 今回は新型コロナウイルスのウイルス学的な特徴を書こうと思ったのですが、専門的な話よりも、まずは大まかな臨床的な特徴を現時点で分かっている範囲でまとめて記事にしました。以下の点に注意してください。 ・新しく出現したウイルスですので、不明な点が多い ・現在進行中の感染症なので最終的な結論ではない ・特定の報告からではなく、多くの情報元 […]

no image

超過死亡とこれまでの様々な(公式の)報告値との関係・超過死亡③「COVID-19第1波のまとめ③」

超過死亡が病気の真の重要度を決める唯一の指標になることを説明してきました。これまでの超過死亡の記事は以下を参照してください。 ・超過死亡について・超過死亡① 「COVID-19第1波のまとめ①」 ・欧州の超過死亡からみえるCOVID-19の真の姿・超過死亡②「COVID-19第1波のまとめ②」 今回も超過死亡がはっきり示されている欧州のデータ解析の記事になります。誰にでもわかる様に解説しますが、マニアックな内容も含みます。数字を見ると頭が痛くなる方や統計に興味がなく簡単に理解されたい方は結論だけでいいと思います^^ 今回の記事の結論は、以下になります。 ①超過死亡の発生は死亡率が約150人/1 […]

no image

PCR検査の問題点を詳しく説明します

PCR検査の問題点を指摘して、検査は当てにならない、意味がないなどと短絡的に結論を出している情報を見かけます。 検査にはそれぞれの特徴があり、必ずメリットとデメリットがありますが、一部の欠点があるから、検査自体が全く当てにならないというのは「思考停止」になります。 今回の記事はPCR検査の何が問題でどのように考えればいいのかの要点をわかりやすくまとめてみます。 まず、あらゆる検査を理解するために避けては通れない「検査の精度」について解説します。今回は専門用語()がわからなくても理解できる様に説明してみます。 検査の精度とは主に次の2点です。①もれなく見つけること(感度)②間違いなく見つけること […]

no image

一般家族内で新型コロナウイルス感染が疑われたり、すでに発症者が出た場合の対応(2/26) COVID-19⑤

連日、新型コロナウイルスの記事を書いています。今までの記事のリンクを以下にまとめておきます。ぜひ合わせてご参照ください。 ①最も重要な情報の簡潔なまとめ https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2622431101415226 ②新型コロナウイルスの臨床的特徴(2/22の時点) https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/2623921001266236 ③新型コロナウイルスについてのウイルス学的な特徴 https://www.facebook.com/shinjiro.homma/posts/ […]

no image

塩みりんの仕込み

米麹が完成しました。とても良い出来です^^ 焼酎の在庫がありますので、この米麹を使って「塩みりん」を仕込みます。 モチ米3kgをせいろで蒸し、蒸し米にします。せいろいっぱいの大量仕込みになりました。後は、この蒸し米に米麹、天日塩、焼酎を入れ、混ぜるだけです。6か月以上たったら使えます。 後の写真は、わが家で仕込んだみりんの1年物(左)と2年物(右)になります。ゆっくりと熟成が進んでいきます。熟成が進むほど美味しくなりますね^^    

PageTop